医院废水的水质特点是含有很多的病原体──病菌、病毒和寄生虫卵。如结核病医院废水，每升可检出结核杆菌几十万至几百万个。医院废水还含有消毒剂、药剂、试剂等多种化学物质。使用放射性同位素医疗手法的医院的废水还含有放射性物质。
医院废水的水量与医院的性质、规划及地点区域的气候等要素有关，按每张病床计一般为每天200~1000升。医院废水处理主要是消毒，即杀灭病原体。常用的办法是氯化消毒或用臭氧消毒（见水的消毒、废水氧化处理法）。
医院排出的放射性废水常用储存衰减法处理。医院常用的放射性同位素如131碘，32磷，198金，24钠等是半衰期较短的同位素，因而能够将放射性废水储存于地下专用衰变水池内，储存时刻为10倍于半衰期，把放射性浓度降到容许排放的程度。假如放射性废水的浓度很低，水量很小，也可用稀释法处理
我国的《放射性防护规则》要求每一微居里放射性同位素到达容许排放浓度需稀释水量1.67米3.当放射性废水浓度很高，放射性的半衰期很长，不宜用储存法和稀释法处理时，可用蒸腾法、离子交换法或凝集沉淀法进行别离浓缩处理。
